Insiden ganas itu berlaku ketika City menang 3-1 di laman sendiri ke atas West Ham Ahad lalu di mana Aguero dilihat menghayun siku kirinya ke arah pertahanan Winston Reid.
Dia berdepan penggantungan tiga perlawanan sekiranya bersalah yang bakal menyebabkan dia tidak dapat bermain menentang United pada 10 September, Bournemouth dan Swansea dalam pertandingan Piala Liga.
“Segio Aguero didakwa kerana terlibat dengan insiden ganas yang tidak dilihat oleh pengadil perlawanan tetapi berjaya dirakam.
“Penyerang City itu terlibat dengan insiden bersama pertahanan West Ham, Winston Reid pada minit ke-76 dalam perlawanan Ahad lalu (28 Ogos 2016),” kata FA dalam satu kenyataan di laman web rasmi mereka.
Pengadil perlawanan, Andre Marriner tidak mengenakan sebarang hukuman kepada Aguero tetapi rakaman video yang dilihat oleh barisan panel bekas pengadil mengakui kesalahan itu sewajarnya dikenakan kad merah.
Aguero, 28, bagaimanapun masih memiliki waktu untuk memberikan reaksi terhadap tuduhan itu.
Dia telah pun disahkan tidak akan bermain bersama Argentina dalam perlawanan kelayakan Piala Dunia menentang Uruguay dan Venezuela kerana kecederaan di betis.
City dan United akan bertemu di Old Trafford dengan masing-masing mengumpul sembilan mata untuk berada di tempat teratas Liga Perdana selepas masing-masing menang dalam tiga perlawanan pertama mereka. Chelsea turut mengumpul mata penuh setakat ini.