Rooney, 31, disisih daripada senarai 26 pemain yang akan menentang Jerman dan Lithuania selepas hanya membuat sembilan penampilan dalam Liga Perdana Inggeris, musim ini.
Southgate sebaliknya membuat kejutan memanggil semula penyerang veteran yang sudah lama disisihkan, Jermain Defoe dari Sunderland.
“Kami kena melihat Wayne di posisi No. 10 iaitu di belakang penyerang utama.
“Dalam dua perlawanan terakhir, kami menggunakan Dele Alli serta Adam Lallana dan kedua-duanya beraksi baik, selain cemerlang bersama kelab masing-masing. Ross Barkley juga bermain baik bersama kelab, jadi persaingan sangat kompetitif.
“Saya tidak fikir dia (Rooney) menjangkakan tetap dipanggil selepas tidak beraksi setiap minggu bersama kelabnya. Ini (kekerapan serta sumbangan kepada kelab) adalah situasi yang perlu diambil kira,” kata Southgate.
England akan menentang Jerman dalam aksi persahabatan di Dortmund, Rabu ini, sebelum menerima kunjungan Lithuania dalam kelayakan Piala Dunia 2018 di Wembley pada 26 Mac.
Sementara itu, mengulas mengenai keputusan memanggil semula Defoe, Southgate percaya, penyerang berusia 35 tahun itu mampu membuktikan keupayaan sejak kali terakhir menyarung jersi England pada November, 2013.
Keputusan memanggil Defoe turut didorong krisis kecederaan yang melanda trio penyerang – Harry Kane, Daniel Sturridge dan Danny Welbeck.
“Kami ada masalah kecederaan penyerang dan adalah penting untuk menilai pemain bukan berdasarkan usia, sebaliknya keupayaan,” ujar Southgate.
Defoe yang telah meledak 14 gol dalam Liga Perdana musim ini mendedahkan, pada awalnya dia mengabaikan mesej yang mengatakan dia dipilih untuk kembali menyertai Three Lions.
“Memang sangat melucukan kerana jika anda menggunakan iPhones, mesej akan dipaparkan di skrin, namun anda tidak dapat lihat mesej sepenuhnya.
“Saya hanya nampak namanya (Southgate). Selepas itu saya terfikir, ‘Gareth? Saya tidak kenal Gareth, Siapa dia?’ Jadi saya letak semula telefon.
“Tidak lama selepas itu, baru saya lihat mesej sepenuhnya, ‘Hai Jermain, saya Gareth Southgate, boleh saya hubungi?,” kata bekas penyerang Tottenham itu.